明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，当年各部归顺，次年任命首领为指挥同知等职。随后数年间，明朝在黑龙江、乌苏里江流域设立了一百三十一个卫，并于永乐七年根据官员忽剌修奴的建议，在黑龙江入海口一带成立了都指挥使司，以康旺为都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称耦儿干、努而哥或纳尔干，是中国东北地区的一个著名地名。据《黑龙江古代简史》记载，这里的山川如画，如清人所赞美的尼噜罕，即满语“国画”的意境之地。
奴儿干都司是明朝在黑龙江下游地区设立的最高地方军政合一机构，其前身辽东都指挥司始建于洪武八年的1375年。在洪武二十八年的1395年，由总兵官周兴等率军至脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带开始建立卫所制，并设立了指挥使和千户。
1409年的永乐七年，明廷升级了这一区域，将其升格为奴儿干都指挥使司，也就是常说的奴儿干都司。这座城市位于今黑龙江下游与亨滚河汇合处右岸的特林地方，即元朝征东元帅府故址附近。作为地方最高一级的军政合一机构，它直隶中央政府，对外仍然保持着强大的管辖权力。
为了维护这一区域的稳定性，明廷经常派遣钦差大臣进行巡视。在太监亦失哈22年的巡视期间，他曾10次前往此地，对当地官员授予职位印信，并赏赐衣物钱钞。此外，他还参与修建了永宁寺，这座寺庙先后留有两块石碑——敕建永宁寺记和宣德八年重建永宁寺记，其中宣德八年的石碑现藏于俄罗斯海参崴博物馆中。
