明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。朝廷任命首领为指挥同知等职，以此为基础，在黑龙江、乌苏里江流域逐渐设立一百三十一个卫，并于永乐七年在黑龙江入海口成立都指挥使司，统辖各卫。康旺担任都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》，清人称之为尼噜罕，意在表达其山川如画的风景秀丽。奴儿干都司，是明朝在黑龙江下游设置的管辖黑龙江、乌苏里江流域等地区的最高地方军政合一建制。
明朝建立后，在东北地区南部已于洪武八年设辽东都指挥司使。在洪武二十八年周兴等进军脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带后开始建卫所制，并设立了指挥使和千户。至永乐七年，便升级奴儿干卫为奴儿干都指挥使司，即简称“奴儿干都司”，驻扎于特林地方，即元朝征东元帅府故地。
作为地方最高一级的军政合一建制直隶中央政府，明廷经常派钦差大臣巡视，都司官员则受到太监亦失哈授予官职、印信赏赐衣物钱钞。他还在山顶修建了永宁寺留有两块石碑，而这些文物现今藏于俄罗斯海参崴博物馆。
