明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。朝廷任命首领为指挥同知等职，以此为基础，在黑龙江、乌苏里江流域逐渐设立一百三十一个卫，并于永乐七年在黑龙江入海口成立都指挥使司，统辖各卫。奴儿干，或称耦儿干、努而哥、纳尔干，是明朝在黑龙江下游设置的最高地方军政合一机构。
据《黑龙江古代简史》，清人称奴儿干为尼噜罕，即“国画”，意指这里山川如画，风景秀丽。明初洪武八年，在东北南部设辽东都指挥司，使；后至洪武二十八年，总兵官周兴进军脑温江、忽刺温河及斡朵怜地区，始建卫所制。
1409年，升奴儿干卫为都指挥使司，即奴儿干都司，以特林地方驻扎。此机构直隶中央政府，上级经常派钦差大臣巡视，对官员授予职位和赏赐物品。在该地修建了永宁寺，有两块石碑记载其历史（现藏俄罗斯海参崴博物馆）。
