在中国历史上，明朝（1368-1644）是封建社会的一个高峰，它以朱元璋建立为起点，延续了近两百年的时间。在这段时期内，明朝经历了许多重大事件和变革，其中包括对外战争、内部政治斗争、文化艺术的繁荣等。然而，这个时期也伴随着一系列严重的挑战，如倭寇问题。
倭寇，是指16世纪中叶到17世纪初期，由日本海盗或流民组成的一批侵扰东亚沿海地区的强盗集团。他们主要活动于今天的中国东南沿海和韩国、日本等地，对当时中国社会经济产生了深远影响。
首先，倭寇的问题给予了中华大地带来了巨大的动荡。这群不法之徒利用小船和轻舟，不分青红皂白地抢劫沿岸城市和村庄，他们甚至胆敢攻击重要港口城市，如广州、福州等，这些行动极大地打击了商贸活动，使得航运成本增加，加剧了物价飞涨，并导致商品短缺，这直接影响到了生产者与消费者的利益关系，最终引发了一系列社会矛盾。
其次，为了应对这种威胁，大量士兵被调往边境防守，而这些人原本可能用于农业劳动或者其他经济建设工作，从而造成人口资源的大量浪费。此外，还有大量财政资源被投入到军事防御上去，以此来抵御这些海盗，因此对于国家税收来说是一个沉重负担，也进一步加剧了国内经济形势紧张的情况。
再者，倭寇问题还促使明朝政府采取了一系列措施来应对这一危机，比如设置水师屯田政策，即在江南地区开辟新田，让士兵们在闲暇时间种植作物，同时增强地方自力更生的能力。但是，这样的政策并没有完全解决问题，因为需要大量的人力物力投入，而且由于战争频繁，一些农田最终因战乱而荒废。
此外，还有一种观点认为，在这个过程中出现了一种新的统治阶级——“边疆贵族”层出不穷，他们通过参与抗击倭寇获得土地兼并权，从而成为新的统治力量。这类人物虽然有助于抗击敌人的威胁，但却削弱了中央集权，使得地方割据更加普遍化，对于中央政府来说是个不小的心结。
总体来说，尽管明朝政府采取了一些措施来应对这个问题，但是由于各种原因，如战争消耗过大、长期冲突导致资源枯竭以及内部腐败现象等，都使得这一时代背景下出现的一系列混乱局面难以迅速缓解。因此，可以说，在整个清理借贷整顿期间，对于晚明社会所遭受的破坏具有不可磨灭的地位。在这样的背景下，无疑进一步加剧了晚明社会已经存在的问题，如贫富差距扩大、官僚体系腐败严重以及学术界同样陷入迷茫状态等，为后来的清代政权接管埋下伏笔。
