元代的军队体系十分复杂，包括蒙古军、探马赤军、汉军、新附军等不同组成。蒙古人在漠北草原上依然维持着兵民合一的游牧生活，当战争爆发时，他们便会迅速出征；平时则聚集牧养。在汉地，元朝采取从固定的户籍中签发士兵的方式进行管理，从1252年起，便明确了区分民户和军户。被编入元朝的大量金国降将及其他族裔，也都以军户身份被记录。这其中，还有一些汉族或其他民族的人们陆续被招募为新生的军队，一般由中级官员负责。
这些蒙古、探马赤军以及汉族（主要是金国降将）和新附（南宋降将）的士兵，都由名为奥鲁的人物来管理。奥鲁的职责之一是在规定时间内抽调当地丁壮担任战事，并且负责替换因死亡而无法服役的士兵，以补充战斗力。此外，奥鲁还需确保所有服役人员得到所需装备和物资，如鞍子、马匹、武器等。
在组织结构上，元代的防御系统主要分为两大部分：一是京师大都周边的宿卫系统，由怯薛和侍卫亲王构成；二是镇守全国各地的镇戍系统。这两个体系分别由不同的机构管理，其中宿卫系统中的怯薛数量远超百人，由皇帝亲自指挥，而侍卫亲王则用于环绕京畿地区，并设立多个规模较大的武装部队，其统治者品级与万户相当，在枢密院直接受命。
至于镇戍诸营，则主要由蒙古和探马赤两种力量共同维护，其中华北地区尤其重视这两种力量的地位。而对于行省下的驻扎部队来说，它们虽然归属于行省，但在重要决策如调动更防等方面仍需遵循枢密院之命令。在整个帝国范围内，不同部门对待此事知情程度不一，只有皇帝与枢密院高层才掌握全貌，而行省内部甚至连最高领导也只能了解到一些基本信息。
