元朝的内部矛盾与腐败问题
元朝在建立初期，蒙古族草原上的游牧文化和政治制度相对简单、效率高，因此能够迅速征服并统一中国。但随着时间的推移，元朝逐渐变得腐败和专制。皇帝及其亲信将国家财富转化为个人私产，而官员们则通过贿赂和欺骗来获得权力。这种长期的腐败严重削弱了元政府的有效性，使得中央集权失去了应有的威慑力。
外患与民族矛盾
外患方面，元朝面临来自各地农民起义、反抗运动以及邻国入侵的压力。如明太祖朱元璋领导下的红巾军起义，以及后来的明军最终击败了元军，最终取代其成为新的中国政权。此外，从南宋时期就开始对蒙古进行抵抗，并且经过多次战役，最终导致南宋灭亡，但留下了深刻的心理影响。在这些冲突中，蒙古人被视作异族，这种民族矛盾也加剧了国内社会动荡。
经济衰退与自然灾害
经济方面，元末年间出现了一系列问题，如通货膨胀、商业活动减少等，这些都直接影响到了普通百姓生活水平。这是因为政府发行过多钞票以弥补战争费用，而又不控制好流通量造成价值下跌。此外，那时频繁发生的地震、洪水等自然灾害也破坏了农业生产，加剧了粮食短缺和物价上涨的问题。
农民起义与分裂主义
农民起义是元末动乱的一个重要因素之一。从1350年到1368年的“红巾军”大规模叛乱，其成员主要由受压迫的农民组成，他们要求土地改革、税收减免等基本需求。而另一方面，一些地方豪强利用机会自立为王，以维护自身利益形成割据局面，不仅削弱中央政府，还使得整个国家陷入分裂状态。
文化交流断绝与汉化失败
文化交流断绝也是导致元朝灭亡的一个重要原因。当时由于内忧外患，加之宗教政策（特别是忽必烈时代实行佛教兴盛政策）的实施，使得汉族文化受到一定程度上的保护，但这并不足以改变主体民族身份认同的问题。此外，由于接触过度而未能彻底融合进藏传佛教所带来的政治混乱，以及忽略其他非汉族地区特色的政策，也加剧了民族关系紧张。
