明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。朝廷任命首领为指挥同知等职，以此为基础，在黑龙江、乌苏里江流域设立一百三十一个卫，并在黑龙江入海口成立都指挥使司，康旺担任都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。奴儿干，又称耦儿干、努而哥或纳尔干，是明朝在黑龙江下游设置的最高地方军政合一机构。
据《黑龙江古代简史》，清人称奴儿干为尼噜罕，即“国画之意”，形容这里山川如画风景秀丽。明朝建立后，在东北地区南部设辽东都指挥司使，后来在脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带进军并建卫所制。
1409年，明廷升奴儿干卫为奴儿干都指挥使司，与其简称“奴儿干都司”，驻守于特林地方，即元朝征东元帅府故地。这座城堡是地方最高一级的军政合一机构直隶于中央政府。太监亦失哈曾多次巡视该地区，对官员授予官职、印信，并赏赐衣物钱钞。此外，还修建了永宁寺，有两块石碑记载着敕建和重建的历史（现藏俄罗斯海参崴博物馆）。
