裕固族的历史渊源可以追溯到古代的回纥部落。回纥这个名字来源于突厥语，意味着团结与联合。在公元745年，回纥建立了汗国，其版图覆盖了从贝加尔湖南侧、阴山北侧、兴安岭西侧和阿尔泰山东侧的大片蒙古草原地区。百余年的时间里，这些草原上的游牧部落逐渐聚集在回纥部下，形成了一個統一的民族——名为“回纥”的古老民族群体。而这些汗国可汗都接受唐朝册封，被视为唐朝的一部分。
然而，在公元840年，由于天灾人祸和外敌入侵，汗国最终崩溃。随后，一支分离出来的流散者南下至今张掖附近，被称作甘州回给，是日後裕固人的祖先。这支人的势力在895年占领甘州城并建立独立政权。但是到了1208年，他们政权因西夏进攻而再次消失，一些成员退往敦煌以南、柴达木盆地以北区域，其中包括罗布泊和若羌一带，并自称“撒里畏兀尔”，意指黄色的意思，因此史籍又称其为“黄头回纥”。
1226年，撒里畏兀尔被蒙古军队征服，而1368年元朝灭亡后，明朝设立了安定、阿端、曲充三卫来管理这一地区。
15世纪初期，当叶尔羌汗国向东扩张并推广伊斯兰教时，以藏传佛教信仰的撒里畏兀尔人开始迁移至祁连山麓，与当地汉藏等民族共同生活，最终融合成今天所知的裕固族。
