在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，这座教堂被改造成如今的圣伯多禄大殿，是天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围地区赠予教宗，从而成立了半世俗政体型态的“教宗国”，覆盖意大利半岛中部的大部分地区。
19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动使得梵蒂冈失去大量领土。当时萨丁尼亚王国成为意大利统一运动的领导者，并最终建立了意大利王国。在普法战争后，拿破仑三世调回其在罗马的军队，使得意大利军队顺利占领罗马城，从而完成了意大利的统一。随后，教宗退居梵蒂冈宫中，而历代教宗均对新成立的意大利王国持敌视态度，不准信徒参与国家公职。
1929年2月11日，《拉特兰条约》签署后，梵蒂冈获得国际社会承认为主权国家，其领土位于梵蒂冈城，为中立国，其主权属于教宗。此条约解决了长期来就圣座与 意大利政府间存在的问题。第二次世界大战期间，当时任教宗庇护十二世下令保持中立。
2009年1月1日，因指出“法律过于繁杂且与天主教学义相违背”，梵蒂冈宣布不再自动采纳 意大利议会通过的一些法律。这段历史见证了梵蒂冈从一个广大的政治实体转变为小巧独立之地，其独特的地位和文化遗产至今仍然引人注目。
此外，还有着其独有的标志：两面旗帜，其中白色上绘有交叉钥匙图案象征着黄金和银子；以及使用自1808年以来瑞士卫兵帽徽颜色所制成之旗帜。此外，又有一张标志性徽章，即红底上的保禄六世皇徽，该徽章由三重冠、钥匙及《马太福音》中的经文构成，以示其高级别行政、司法和立法权力，以及代表地球上的所有权力赋予圣彼得。
