《天工开物》之所以在明朝时期被列为禁书，其原因是多方面的。首先，明朝是一个封建社会，对于异端邪说极为敏感。在宋应星的这部科技著作中，有一些观点与当时官方思想相悖，如对自然现象的解释和农业生产改进等，这些看法被认为是“异端邪说”，因此遭到了禁止。此外，由于该书中的理论可能会影响官员们的立场和利益，而这些官员通过科举制度晋升，所以《天工开物》的内容对于他们来说是一种潜在威胁。
此外，明朝实行的是儒家思想，强调“天命论”和“君权神授”，认为人类知识和技术都是由上天赐予的，而不是由人类自己创造的。《天工开物》中的观点与这种思想格格不入，因此也被视为“异端邪说”。最后，还有一部分保守思想存在，它们对外来文化和技术持有怀疑态度，《天工开物》中提及的一些欧洲机械学、天文学等内容，也因其非传统性而受到排斥。
综上所述，《天工开物》在明朝时期遭禁，是由于它与官方宗教信仰相冲突、可能干扰官僚体系、挑战儒家主导以及引入外来知识都构成了问题。这本书虽然现在不再受到限制，但仍然作为中国科学历史上的重要文献，被后人珍视并研究。
