在无锡城中时朗中巷的一座普通房屋里，刘元珍于隆庆五年（1571年）出生。他的家境贫寒，七岁那年，他的母亲就不幸去世了。面对这样的困难环境，刘元珍却展现出了他坚韧不拔的性格和强烈的求知欲。他自幼勤奋好学，从小就表现出了很高的学习能力。
刘元珍的父亲，是一位教谕和校官，他曾在山阳（今淮安）和绩溪（今安徽绩溪县）等地工作过，这为刘元珍后来的科举考试提供了一定的社会背景知识。在万历二十三年（1595年），经过艰苦的学习与准备，刘元珍考上了进士，这是他人生的一个重大转折点。
开始步入仕途后的刘元珍，被授予南京吏部主事这个职位，并迅速升迁到南京兵部郎中。但就在这时，他接到了父亲去世的消息，因此不得不回家守丧。这次家庭危机给他的仕途带来了暂时性的打乱，但他并没有因此放弃自己的理想。
万历二十八年的春天，当沈一贯成为首辅之后，对待政治有着极端保守态度的人物逐渐浮出水面，他们利用权力迫害忠良。其中最著名的是“妖书案”，沈一贯及其心腹钱梦皋等人通过陷害其他官员来巩固自己的地位。而当朝廷正直官员提出反对的声音时，他们被指控为朋党成员而遭受报复。
就在这种情况下，刘元珍站出来抗疏，上奏章斥责沈一贯及其同伙，在神宗面前揭露他们操纵朝政、篡改公文的手段。他认为这种做法严重违背了皇帝对臣子的期望，即忠诚、廉洁、高尚的情操。当神宗听取了这一番激烈的话语后，不仅未能采纳其建议，还因为此事将其降职并削除名籍，将其赶出了京都。
然而，此事件也成为了东林党人的标志之一。尽管受到沉重打击，但东林党仍然坚持着清风正气，与外界保持联系，为国家谋求更好的治理方式。在此期间，东林党中的许多成员都在不同的岗位上积极发声，其中包括顾宪成、高攀龙等人，他们共同推动了中国历史上的重要改革思想。此外，他们还致力于培养新兴文化，对传统文化进行深刻理解和批判，同时也提倡以儒学为核心的大礼制政治模式，以期达到君民共治之目的。
随着时间流逝，最终光宗继位，使得那些因进谏而遭遇牺牲的人再次得到起用。如是乎，在1620年的泰昌初年，明政府重新任命一些曾经因忠言而遭受猜忌或罚黜的人物，而 刘元珍便是在这一波动中被任命为光禄寺少卿，一直到1621年的三月份抵达京师。这一次回到中央政府工作期间，他即参与讨论边疆战事，并尝试阻止李国缙等人的计划，因为他们可能会成为努尔哈赤军队内部的奸细，或许会造成内应问题导致更多失地沦陷的情况发生。但这些努力最后未能成功，因天启二年的某个时候，在京师居住期间，由于健康状况恶化，不幸去世，只活到了51岁左右。
虽然如此，也正是在他的死后，以及崇祯年代末期，“阉党”横行大肆冤狱，那些所谓“东林八君子”包括顾宪成、高攀龙、顾允成、安希范、叶茂才、钱一本及薜敷教，都因为“朋党案件”的缘故，其功名均被追夺。不过几十年后的崇祯时代，一系列冤狱平反昭雪之后，该家族才能够恢复原有的荣誉与尊严，最终获得历史上的认可与赞扬。
