在无锡城中时朗中巷的一座古老宅邸里，刘元珍于隆庆五年（1571年）出生。他的家境贫寒，七岁丧母，他的父亲刘升历任山阳教谕、绩溪校官等职，对儿子的教育有着极高的期望。自幼勤奋好学，刘元珍展现出了非凡的学习能力和坚韧不拔的性格。
万历二十三年（1595年），刘元珍在科举考试中考中进士，这是他步入仕途的大门。他最初被授予南京吏部主事职位，不久便升为南京兵部郎中。在这段时间里，他积极核审军需，淘汰了许多年老或者身体羸弱的士卒，并且努力训练军队，一年的时间内就节省了库银二万多两。
然而，由于某些不可告人的原因，在万历三十三年（1605年）的“京察”期间，刘元珍遭到了贬官外放。尽管神宗帝一度考虑恢复他的名誉，但最终仍然将他除名削籍。这次事件对他个人而言是一次巨大的打击，但并未阻止他继续发声批评当时政治环境中的腐败与不公正。
在回乡后的几年里，刘元珍与顾宪成、高攀龙等人一起在东林书院讲学，他们利用这个平台讨论学问，同时也抨击时政，以此来影响朝廷政策。此后，他被召回朝廷担任光禄寺少卿，但很快又因为反对招募难民南渡而再次卷入政治风波，最终因健康问题去世。
尽管身亡，但他的名字依然被后人铭记，并与其他几个同样忠诚于理想的人物一道，被尊称为“东林八君子”。他们共同提倡开放言路、实行改革，并致力于减轻人民负担，这些思想至今仍具有重要意义。
