在无锡城中时朗中巷的一座普通房屋里，刘元珍于1571年出生，这个时代被称作明代的隆庆五年。他的家庭生活在贫困之中，他的母亲早逝，仅七岁便失去慈爱的母亲。然而，这样的逆境并未阻碍他勤奋好学的性格。他父亲刘升曾是一位教谕和校官，在山阳（今淮安）和绩溪（今安徽绩溪县）任职。
随着年龄的增长，刘元珍投身科举考试，最终在1595年的万历二十三年考取了进士这份荣誉。在官场上，他先后担任南京吏部主事、兵部郎中等职位，不久之后因父丧回家守孝。1600年，他补为南京兵部职方司郎中，主要负责管理疆域图籍。在此期间，他严格核查军需，将老弱之士淘汰，并积极训练军队，使得一年内节省了大量银两。
然而，由于各种复杂原因，包括权臣郭正域等人的背后支持，以及首辅沈一贯的心腹钱梦皎所上的奏疏，导致刘元珍遭到了贬官外放。此外，还有其他一些官员因为与沈一贯关系密切而受到牵连。
尽管遭遇挫折，但刘元珍并未放弃对国家大义的追求。他回到故乡，无锡，与顾宪成、高攀龙等人共同讲学，并通过探讨学问来抨击当时黑暗的情况。这群人都是正直且关心国家命运的人，他们常借学术讨论机会批评时政。
1620年，当光宗继位后，便下诏起用原被罢黜或降职的人物之一——刘元珍。他被任命为光禄寺少卿，但不久之后就接到消息说边境地区发生紧急情况，其中明军受损辽、沈相继沦陷。
就在这个时候，有人提议由前辽东守将李成梁义子 刘国缙招募难民南渡山东，而刘元珍基于对这一计划不信任，上疏反对其。当时清兵攻陷辽、沈，全是利用已投降的人作为内应进行攻击，因此对于数万建军民进入内地是否会有隐患感到忧虑。
最后，在1622年的天启二年，因身体健康状况突然恶化，52岁高龄的他便离开了人世。但即使离世，也无法摆脱政治斗争带来的影响。在1628年的崇祯初期，其功名才开始得到昭雪。至今人们仍然尊称他为“东林八君子”之一，以示对他的敬仰与纪念。
