刘元珍，字伯先，号本孺，无锡人。出生于隆庆五年（1571年），自幼丧母，家境贫寒，但他勤奋好学。父亲刘升历任教谕、校官等职。他在万历二十三年（1595年）通过科举考试，成为进士，并被授予南京吏部主事。
起初，他担任南京兵部郎中，因父亲去世而回家守丧。在万历二十八年（1600年），他补为南京兵部职方司郎中，负责疆域图籍。一开始，他的工作是核审军需和淘汰老弱残疾的士兵，以此节省库银。
然而，在万历三十三年的“京察”时期，由于权臣沈一贯的排挤，他遭受了贬官外放。他上疏反对沈一贯集团的不法行为，但最终因沈一贯势力强大，被降调至边远地区，并最终除名削籍。
之后，他回到家乡无锡，与顾宪成、高攀龙等人在东林书院讲学，他们都是正直之士，对国家命运关心，对当时黑暗局面表示不满。他们借着探讨学问机会抨击时政。
泰昌元年（1620年），光宗继位后恢复了一些因为忠言而遭遇逆境的人，其中包括刘元珍。他被任命为光禄寺少卿，不久又接到山海关外边事告急的情况，最终因体恤国家大计而早逝于官邸，只活了51岁。
死后，他虽然功名被追夺，但崇祯元年（1628年）才平反昭雪。后人将他与其他七位同志并称为“东林八君子”，共同推动了政治改革和经济发展的思想主张，如反对矿监税使掠夺、减轻赋役负担、发展东南经济，以及开放言路实行改良等针砭时政的意见。
