刘元珍，字伯先，号本孺，无锡人。出生于隆庆五年（1571年），自幼丧母，家境贫寒，但他勤奋好学。父亲刘升历任教谕、校官等职。他在万历二十三年（1595年）通过科举考试，成为进士，并被授予南京吏部主事。
起初，他担任南京兵部郎中，因父亲去世而回家守丧。在万历二十八年（1600年），他补为南京兵部职方司郎中，负责疆域图籍。一开始，他的工作是核审军需和淘汰老弱残疾的士兵，以此节省库银。
然而，在万历三十三年的“京察”期间，由于权力斗争，他遭到了贬官外放。这是由于首辅沈一贯的心腹钱梦皎上疏诽谤郭正域和次辅沈鲤，最终导致了他们未能被处死。当朝廷中的正直官员感到愤怒，但畏惧沈一贯的权势，没有敢说话，而刘元珍却勇敢地抗疏，上奏批评了当时的情况。他认为沈一贯身边的人都是奸邪之辈，他们私下交易国家大事，对皇帝极不忠诚。
尽管他的言论激发了一些人的共鸣，但最终神宗仍旧没有采纳他的意见。相反，被神宗降旨将他除名削籍并且调往边远地区服役。此后，他回到家乡无锡，与顾宪成、高攀龙等人在东林书院讲学，并参与讨论时政问题。
泰昌元年（1620年），光宗继位后重新起用一些因进谏而遭受迫害的人物之一，即刘元珍。他被任命为光禄寺少卿，并迅速返回京都。但就在这之后，不久发生了辽、沈两地失陷的事变，当时明军遭遇努尔哈赤军队的打击。
随着情况恶化，他再次上奏反对前任赞画刘国缙提出的招募民众安抚百姓计划，因为他怀疑这些行动可能会有阴谋。在天启二年的某个时候，尽管身体强壮但忽然逝世于京师官邸，只活了51岁。
在其死后数十年，其名字因为与阉党政治斗争有关，被列入所谓“东林党人榜”，功名也因此追夺。但崇祯元年的平反昭雪才使得他的声誉得以恢复。今天，我们称呼他以及其他六位同僚为“东林八君子”。
