明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。朝廷任命首领为指挥同知等职，以此为基础，在黑龙江、乌苏里江流域逐渐设立一百三十一个卫，并于永乐七年在黑龙江入海口成立都指挥使司，统辖各卫。康旺担任都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》，清人称其尼噜罕，即山川如画之地。奴儿干都司，是明朝在黑龙江下游设置的管辖黑龙江、乌苏里江流域等地区的最高地方军政合一建制。
自洪武八年开始，在东北南部设辽东都指挥司，使。至洪武二十八年，总兵官周兴等进军脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，始建卫所制，以千户和指挥使治理。永乐七年升奴儿干卫为奴儿干都指挥使司，更名“奴儿干都司”，驻地位于特林地方，即元朝征东元帅府故址。
作为地方最高一级的军政合一机构直隶中央政府，明廷经常派钦差大臣巡视。在22年的时间内，有10次视察，对官员授予官职印信，并赏赐衣物钱钞。此外，还修建了永宁寺，上有敕建记和重建记两块石碑（现藏俄罗斯海参崴博物馆）。
