明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。朝廷任命首领为指挥同知等职，以此为基础，在黑龙江、乌苏里江流域逐渐设立一百三十一个卫，并于永乐七年在黑龙江入海口成立都指挥使司，统辖各卫。康旺担任都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。奴儿干，又称耦儿干、努而哥或纳尔干，是明朝在黑龙江下游设置的最高地方军政合一机构。
据《黑龙江古代简史》，清人称其为尼噜罕，即“国画”，意指山川如画风景秀丽。奴儿干都司管辖了黑龙江、乌苏里江流域等地区。在洪武八年（公元1375年），明朝建立后，在东北地区南部设立辽东都指揮司使。在洪武二十八年（公元1395年），周兴等人进军到脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，开始建卫所制，并设立了指揮使和千户。
至永乐七年（公元1409年），明廷决定升级奴兒干衛為奴兒干都指揮使司，更名為「奴兒干都司」，驻地位于特林地方，即元朝征东元帅府故地。这是一个直隶于中央政府的地方最高一级的军政合一机构，每隔几十年的时间，便会有钦差大臣前往视察，对官员进行授职和赏赐，并修建了永宁寺留有两块石碑作为纪念。
