明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。朝廷任命首领为指挥同知等职，以此为基础，在黑龙江、乌苏里江流域逐渐设立一百三十一个卫，并于永乐七年在黑龙江入海口成立都指挥使司，统辖各卫。康旺担任都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，这里山川如画，如清人所称的尼噜罕。奴儿干都司是明朝在黑龙江下游设置的管辖该地区最高地方军政合一建制。
自洪武八年起，在东北南部设立辽东都指挥司使；至洪武二十八年，周兴等进军至脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，始建卫所制并设指挥使和千户。此后在永乐七年的决定中，将奴儿干卫升格为奴儿干都指揮使司，即“奴兒幹都司”，驻地位于今日特林地方——元朝征东元帅府故地。
作为地方最高级别的军政合一机构直隶中央政府，与其他省区不同，其官员经常接受钦差大臣巡视，并授予官职、印信及赏赐衣物钱钞。在当地山顶上修建了永宁寺，有敕建与重建石碑纪念其重要性（现藏俄罗斯海参崴博物馆）。
