明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，当地各部归顺后，朝廷任命首领为指挥同知等职。随着时间的推移，明朝逐渐在黑龙江、乌苏里江流域设立了一百三十一个卫，并在永乐七年根据官员忽剌修奴的建议，在黑龙江入海口一带建立了都指挥使司，以统辖这些卫所。康旺担任都指挥同知，而王肇舟则担任指挥佥事。
奴儿干，又称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，这里的山川如画，风景秀丽，被清人称为尼噜罕（满语“国画”的意）。奴儿干都司，是明朝为了管辖黑龙江、乌苏里江流域等地区，将地方军政合一建制提升至最高级别的一种行政区划。
自洪武八年起，在东北南部设立辽东都指挥司，使。在洪武二十八年周兴等人的进攻下，从脑温江到斡朵怜一带开始设置卫所制，并设立了指挥使和千户。在永乐七年的决定中，将奴儿干卫升格为奴儿干都指挥使司，即俗称的奴儿干都司，其驻地位于现今特林地方，即元朝征东元帅府旧址。
作为地方最高一级的军政合一机构，它直接隶属于中央政府。时常有钦差大臣前往巡视，对于该地区官员进行授职印信赏赐，并对当地宗教活动给予支持，如在山顶上修建了永宁寺留下两块石碑，其中包括敕建与重建寺庙的记录。
