明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，当地各部归顺后，朝廷任命首领为指挥同知等职。随后数年，明朝在黑龙江、乌苏里江流域设立了一百三十一个卫，并于永乐七年根据官员忽剌修奴的建议，在黑龙江入海口一带成立了都指挥使司，以康旺为都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称耦儿干、努而哥或纳尔干，是中国东北地区的一个古代地域，其名称在《黑龙江古代简史》中被清人称作尼噜罕，即“国画”，形容这里山川如画之美。奴儿干都司是明朝在黑龙江下游建立的最高地方军政合一机构，它的前身是辽东都指挥司，使，该机构始建于洪武八年（1375年），至洪武二十八年（1395年）进一步发展。
1409年的决策中，明廷将奴儿干卫升格为奴儿干都指挥使司，更名为“奴儿干都司”，驻扎于当时的重要城市——奴兒幹城。在其历史上，这个区域经历了多次更迭和重建，最著名的是由太监亦失哈从1411到1433年的22年的巡视工作，他对该地区进行了10次视察，对官员授予职位、印信，并给予赏赐。此外，还修建了永宁寺并留有两块石碑纪念，那些石碑现藏于俄罗斯海参崴博物馆。
