明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附后，朝廷任命首领为指挥同知等职。随后数年间，明朝逐渐在黑龙江、乌苏里江流域设立了一百三十一个卫，并在永乐七年根据官员忽剌修奴的建议，在黑龙江入海口一带成立都指挥使司，以康旺为都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，也称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，由于清人称其为尼噜罕（满语“国画”之意），表示这里山川如画，风景秀丽。奴儿干都司，是明朝在黑龙江下游设置的管辖黑龙江、乌苏里江流域等地区的最高地方军政合一建制。
明初建立后，在东北南部公元1375年设置辽东都指挥司使，而1395年周兴等进军至脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，始建卫所制并设定了指挥使和千户。1409年的明永乐七年，更决定升级奴儿干卫至奴儿干都指挥使司，即俗称的“奴儿干都司”，驻扎于今日特林地方，即元时征东元帅府旧址附近。
作为地方最高一级的军政合一机构，不仅直隶中央政府，而且经常受到钦差大臣巡视。此外，从1411到1433年的22年中，有太监亦失哈10次前往视察，都司及下属官员受赏赐衣物钱钞，并于当地山顶修建了永宁寺留存有两块石碑记录历史，如今藏存于俄罗斯海参崴博物馆中的“敕建永宁寺记”和“宣德八年重建永宁寺记”。
