明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，当年各部归顺，次年设立指挥同知等职位。随后数年间，明朝逐步在黑龙江、乌苏里江流域建立一百三十一个卫戍，并于永乐七年根据官员忽剌修奴的建议，在黑龙江口成立都指挥使司，以康旺为都指挥同知、王肇舟为指挥佥事。奴儿干，又称耦儿干或努而哥，是一处风景如画之地，被清代人称作尼噜罕。
此地区自洪武八年开始成为辽东都指挥司的管辖范围，其后至洪武二十八年进一步设置卫所制，并由周兴等率军至脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带进行招抚。此举标志着地方军政合一建制的初步形成。到了永乐七年的某个时期，明廷升级了奴儿干卫到更高一级别，即奴儿干都指挥使司，或简称“奴儿干都司”，并将其驻扎在特林地方——元朝征东元帅府故地。
作为最高的地方军政机构，奴儿干都司直属中央政府，每当有钦差大臣巡视该区域，他们会授予官职印信并给予赏赐。在这期间，一名太监亦失哈连续22年对该地区进行了10次视察，对相关官员施加影响，同时还参与了 永宁寺 的修建工作，这座寺庙现存两块石碑，其中包括敕建永宁寺记和宣德八年重建永宁寺记，现在这些石碑被收藏在俄罗斯海参崴博物馆中。
