明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，当年各部归顺，次年设立指挥同知等职位。随后数年间，明朝逐步在黑龙江、乌苏里江流域建立一百三十一个卫戍，并于永乐七年根据官员忽剌修奴的建议，在黑龙江口成立都指挥使司，以康旺为都指挥同知、王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，这里的山川如画，如清人所称的尼噜罕，是满语中“国画”的意思，形容这里风景秀丽。
奴儿干都司是明朝在黑龙江下游地区设置的最高地方军政合一机构。自洪武八年（公元1375），辽东都指挥使司便开始了东北南部地区的治理。在洪武二十八年的1395年，总兵官周兴等人进军到脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，与当地居民进行招抚，并设立了卫所制和千户之职。到了永乐七年的1409年，由于明廷决定升级奴儿干卫为奴儿干都指挥使司，便正式确立了这个名称。
这座重要的地方行政中心直隶中央政府，对此区域进行严格管理，并经常派遣钦差大臣巡视。此外，也有太监亦失哈在1411至1433年的22个月内，每逢视察一次，都会对地方官员授予职位和印信，以及赏赐衣物和钱财。他还在山顶上修建了永宁寺，有两块石碑留存，即敕建永宁寺记和宣德八年重建永宁寺记，这些现在藏于俄罗斯海参崴博物馆。
