明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干一带招抚各部落。次年，多个部落归附于明朝，并授予首领指挥同知等职位。随后数年的时间里，明朝逐渐在黑龙江和乌苏里江流域设立了一百三十一个卫戍。永乐七年，忽剌修奴的建议下，在黑龙江入海口附近建立了都指挥使司，以统辖这些卫戍并任命康旺为都指挥同知、王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，也被称作耦儿干或努而哥，是一个位于东北地区的历史名地。在《黑龙江古代简史》中记载，这里的自然风光得到了清代人赞美，被誉为“国画之地”。奴儿干都司是明朝在黑龙江下游地区成立的一个军政合一的最高机构，其管辖范围包括了黑龙江和乌苏里江流域等地区。
从洪武八年开始，当时明朝便在东北南部设立了辽东都指挥使司。而到了洪武二十八年周兴率军至脑温江、忽刺温河及斡朵怜一带，开始建立起卫所制，并设立了指挥使和千户。此后，在永乐七年的决定下，将奴儿干卫提升为奴儿干都指挥使司，即所谓的奴儿干都司。这座城驻扎于现在 黑龙江与亨滚河汇合处右岸特林地方——元朝征东元帅府故址上。
作为地方最高级别的军政机构直隶中央政府管理，不断有钦差大臣前往巡视，对其官员进行考核并颁发官职印信以及赏赐物资。此外，还在山顶上建造了永宁寺，其中宣德八年的重建石碑现藏于俄罗斯海参崴博物馆，为纪念这一历史时期留下的重要文物。
