明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。随后数年间，明朝逐步在黑龙江、乌苏里江流域建立了一百三十一个卫。至永乐七年，在忽剌修奴的建议下，在黑龙江入海口一带设立都指挥使司，以康旺为都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称耦儿干、努而哥或纳尔干，是明朝在黑龙江下游设置的管辖该地区最高地方军政合一机构。《黑龙江古代简史》记载清人称之为尼噜罕，因其山川如画，风景秀丽。此地自洪武八年起，即开始了东北地区南部的辽东都指挥司使设置。至洪武二十八年，周兴等率兵至脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，并始建卫所制。
1409年的决定，将奴儿干卫升格为奴儿干都指挥使司，更名“奴儿干都司”，驻守于特林地方，即元朝征东元帅府故址。此后，再有钦差大臣多次前往视察并授予官职，对当地官员进行赏赐。在此基础上，还修建了永宁寺，为纪念而留有石碑两块（现藏俄罗斯海参崴博物馆）。
