明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。朝廷任命首领为指挥同知等职，以此为基础，在黑龙江、乌苏里江流域设立一百三十一个卫，并在黑龙江入海口成立都指挥使司，康旺为都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称耦儿干、努而哥或纳尔干，是一带风景秀丽的地方。《黑龙江古代简史》记载清人称之为尼噜罕（满语“国画”之意），表明当地山川如画般美丽。
奴儿干都司是明朝在黑龙江下游设置的最高地方军政合一机构。洪武八年，明朝在东北南部设辽东都指挥使司；洪武二十八年，由周兴等进军至脑温江、忽刺温河和斡朵怜地区开始建立卫所制，并设立指挥使和千户。永乐七年，升奴儿干卫为奴儿干都指挥使司，即奴儿干都司，以特林地方驻扎。
作为地方最高一级的军政合一建制，都司直隶于中央政府。经常有钦差大臣巡视并授予官职、印信及赏赐。此外，还修建了永宁寺，其中两块石碑现藏于俄罗斯海参崴博物馆，上刻有敕建与重建的纪念文本。
