明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，当地各部归顺后，朝廷任命首领为指挥同知等职。随着时间的推移，明朝逐渐在黑龙江、乌苏里江流域设立了一百三十一个卫，并在永乐七年根据官员忽剌修奴的建议，在黑龙江入海口一带建立了都指挥使司，以统辖这些卫所。康旺担任都指挥同知，而王肇舟则担任指挥佥事。
奴儿干，也称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，这里的风景如画，被清人称为尼噜罕，即满语中的“国画”。奴儿干都司是明朝在黑龙江下游设置的管辖 黑龙江、乌苏里江流域等地区的最高地方军政合一机构。
自洪武八年起，明朝开始在东北南部设置辽东都指挥司，使；至洪武二十八年，又派周兴等进军到脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，为建卫所制并设立了指挥使和千户。在永乐七年的决定中，将奴儿干卫升级为奴儿干都指挥使司，即俗称的奴儿干都司，其驻地位于现今特林地方，即元朝征东元帅府旧址。
作为地方最高一级的军政合体机构，直属于中央政府。为了加强对这一地区的管理与控制，每当需要时，都会派遣钦差大臣前往巡视，并对相关官员颁发官职、印信以及赏赐衣物钱财。此外，在这段期间内，还有太监亦失哈从1411至1433年的22年间曾10次进行视察，对于该地区均给予相应支持与认可。而且，在此期间，还修建了永宁寺，其中留有两块石碑——敕建永宁寺记和宣德八年重建永宁寺记——目前藏于俄罗斯海参崴博物馆。
