明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干一带招抚各部落。次年，多个部落归附，明朝便在此基础上建立了一百三十一个卫。随后数年，明朝逐渐在黑龙江、乌苏里江流域设立了这些卫的统治机构。在忽剌修奴的建议下，在黑龙江口成立了都指挥使司，以康旺为都指挥同知、王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，也称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，这里的山川如画，如同满语中的“国画”，风景秀丽。奴儿干都司，是明朝在黑龙江下游设置的管辖 黑龙江、乌苏里江流域等地区的最高地方军政合一机构。
自洪武八年（1375），明朝开始在东北南部设立辽东都指挥使司，并于洪武二十八年（1395），周兴等人进军至脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，对当地进行招抚并建起卫所制。这时期设置了指挥使和千户。但直到永乐七年（1409），才决定升级奴儿干卫为奴儿干都指挥使司，即俗称之“奴儿干都司”，驻扎于今黑龙江下游特林地方，即元朝征东元帅府旧址附近。
作为地方最高一级的军政合一机构，直隶中央政府，对其官员实行直接管理与考核。而太监亦失哈则连续22年的时间中，有10次前往视察并对官员授予职位和赏赐。此外，还有两块石碑——敕建永宁寺记和宣德八年重建永宁寺记，现在藏于俄罗斯海参崴博物馆，为该时期重要文化遗留。
