明朝永乐元年，派使者至奴儿干招抚部落，其后各部归附。次年，朝廷任命首领为指挥同知等职。随后数年间，明朝逐渐在黑龙江、乌苏里江流域设立了一百三十一个卫，并在永乐七年，在黑龙江入海口一带建立都指挥使司，以统辖各卫。
奴儿干，又称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，这里的山川如画，如同国画般秀丽美观。奴儿干都司，是明朝在黑龙江下游设立的管辖黑龙江、乌苏里江流域地区的最高地方军政合一机构。
明初洪武八年，在东北南部设置辽东都指挥司使。洪武二十八年，总兵官周兴等人进军脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，开始建卫所制，并设指挥使和千户。永乐七年的某个时刻，都司升级为奴儿干都指挥使司，从此成为地方最高一级的军政合一机构，对外直隶于中央政府。
太监亦失哈曾多次巡视该地区，对当地官员进行了官职授予、印信发放以及衣物钱钞赏赐。在这片土地上，还修建了永宁寺留下了历史痕迹，即敕建永宁寺记和宣德八年重建永宁寺记两块石碑（现藏于俄罗斯海参崴博物馆）。
