明朝永乐元年，成祖派使者赴奴儿干招抚，次年各部归附。朝廷任命首领为指挥同知等职，以此为基础，在黑龙江、乌苏里江流域逐渐设立一百三十一个卫，并于永乐七年在黑龙江入海口成立都指挥使司，由康旺担任都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，又称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，清人称其为尼噜罕，即山川如画之意，因风景秀丽得名。奴儿干都司是明朝在黑龙江下游设置的管辖黑龙江、乌苏里江流域等地区的最高地方军政合一机构。
自洪武八年（公元1375年），明朝建立后，便在东北地区南部设置辽东都指挥司使。至洪武二十八年（1395年），周兴等进军脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带，始建卫所制，设指挥使和千户。再到永乐七年的决定中，将奴儿干卫升格为奴儿干都指挥使司，即所谓的“奴儿干都司”，驻扎于今黑龙江下游特林地方，这里的官员直隶中央政府，并由钦差大臣视察，每次视察都会授予官职印信以及赏赐衣物钱钞。此外，还修建了永宁寺，上面留有两块石碑——敕建永宁寺记和宣德八年重建永宁寺记，现在这两块石碑藏于俄罗斯海参崴博物馆。
