明朝永乐元年，派使者至奴儿干招抚部落，其后各部归附。次年，朝廷任命首领为指挥同知等职。随后数年间，明朝逐渐在黑龙江、乌苏里江流域设立了一百三十一个卫，并在永乐七年根据官员忽剌修奴的建议，在黑龙江入海口一带建立都指挥使司，以康旺为都指挥同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，也称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》记载，这里风景如画，被清人称为尼噜罕(满语“国画”之意)。奴儿干都司，是明朝在黑龙江下游地区设置的最高地方军政合一机构。在洪武八年（公元1375年），明朝在东北南部设立辽东都指挥使司；到洪武二十八年（1395年），周兴等人进军脑温江、忽刺温河和斡朵怜一带开始建卫所制，并设立了指揮使和千户。
到了永乐七年的决定中，升级了这个区域的管理层次，将其提升成为更高级别的地方治理机构——奴儿干都指挥使司，即俗称的奴儿干都司。这座行政中心驻扎于今日俄罗斯境内特林地区，即元朝征东元帅府旧址附近。而这项制度直隶于中央政府，有时会有钦差大臣进行视察，对当地官员授予职位与印信，并颁发衣物钱财作为奖赏。此外，在宣德八年的重建工程中，还留下了两块石碑，一是敕建永宁寺记，一是宣德八年重建永宁寺记，现在这两块石碑藏于俄罗斯海参崴博物馆。
