在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，这座建筑物被改造成如今的圣伯多禄大殿，是天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围地区赠予教宗，从而成立了半世俗政体型态的“教宗国”，覆盖意大利半岛中部的大部分地区。
19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动使得梵蒂冈失去了意大利领土。在这一背景下，法国第二帝国皇帝拿破仑三世以“保护者”之名出兵罗马，但在普法战争爆发后，他调回军队，使得意大利王国军队顺利占领罗马城。这标志着意大利的统一完成，而教宗则退居梵蒂冈宫中。
1929年2月11日，与此同时，在墨索里尼掌握意大利政权后与庇护十一世签订《拉特兰条约》，承认圣座为主权国家，其领土位于梵蒂冈城，为中立国家，不受侵犯。此外，《拉特兰协议》确保了梵蒂冈在第二次世界大战期间保持中立。
2009年1月1日，梵蒂冈宣布不再自动采纳意大利议会通过的法律，因为这些法律过于繁杂且与天主教教义相违背。梵蒂冈拥有自己的国旗和国徽，其中黄白两色代表金银珍贵金属，也是瑞士卫队帽徽颜色；红色象征着曾经是最夺目的天主教堂颜色；三重冠和钥匙图案则代表着作为全球最高领导人的权力象征。
