在崇祯年间，由于明朝内部矛盾激化和连年的战乱导致国力衰弱，王室内部也出现了权力斗争。李自成领导的农民起义最终推翻了明朝政权，而南方三藩，即孙承宗、吴三桂和尚可喜，他们各有势力，都对中央政府持怀疑态度，并试图独立。
1644年4月25日，李自成进军北京，在顺治帝即位不久后仅一个月内被攻破大城。同年5月6日，顺治帝出逃保定，此时南方三藩趁机发动叛乱，他们认为自己是国家的救星，为的是阻止李自成进一步扩张势力并控制京师。
孙承宗率领数万精兵从山西入关，与清军形成对峙。吴三桂则利用其所控制的广东资源与粤海一带商船，以及他手中的巨额财富来壮大自己的实力。而尚可喜虽然没有直接参与北伐，但他在福建仍然保持着一定程度上的独立性，不愿意完全臣服于清廷。
然而，这些反抗行动最终都以失败告终。在孙承宗被迫退守山西之后，他秘密与努尔哈赤联系，并请求援助。但由于努尔哈赤本人已经过世多年，其子皇太极继位后，对外政策更加强硬，不再支持任何背离其计划的人物或事业。这使得原本能够联合起来抵御外敌的一批人物分裂开来，最终失去了反抗力量。
随着时间推移，“三藩之乱”逐渐平息，而清军则继续向南侵略，最终于1644年11月30日攻占北京。此时正值皇太极病重身亡，他临死前指定福临为嗣储，被尊为顺治帝，从而确立了清朝统治阶层的地位。在接下来的几十年里，“三藩之乱”的余波不断影响着整个中国社会，使得早期清朝面临诸多挑战，但也因此加深了当地人民对于新政权的依赖和认同感，为后续稳固统治奠定基础。
