魏阉党羽万历二十三年（１５９５年），冯铨出生于顺天府涿州（今河北省涿州市）。

万历四十一年（１６１３年），冯铨中进士，时年十九岁，官至翰林院检讨。后因其父冯盛明在河南布政使任上被劾罢职，冯铨也随父回籍。

天启四年（１６２４年），魏忠贤到涿州进香，冯铨跪于道旁，哭诉其父被东林党丢官的经过。时魏忠贤正在搜罗党羽，随即命冯铨仍以原官起用。从此，他对魏忠贤感恩戴德。在东林党与阉党斗争最激烈之时，他纵横其间排击东林党人及其他朝臣。短短一年中，冯铨即升为朝廷辅臣，官居礼部尚书、文渊阁大学士，成为阉党中炙手可热的人物。七月，东林党著名人物杨涟上疏举劫魏忠贤二十四大罪状，魏忠贤对他恨之入骨，想到联系外廷的大臣来帮助。冯铨致书魏忠贤之侄魏良卿，转致魏忠贤在外廷的力量得以保证。

天启五年（１６２５年）六月，杨涟魏忠贤，冯铨暗中教唆魏忠贤行廷杖以立威。七月，以谕德兼栓讨升少詹事，补经筵讲官。八月，熊廷弼被杀，也是他以熊廷弼之名，伪作《绣象辽东传》刊行于世，并于皇帝听讲史书之处呈上，对熊廷弼栽赃诬陷。这既符合魏忠贤株连东林党人的企图，又发泄其对熊廷弼之私恨。熊廷弼死后，他又私用计谋，暗设圈套，杖毙熊廷弼之姻亲、御史昊裕中。遂进礼部右侍郎兼东阁大学士并入阁。九月，升礼部尚书兼文渊阁大学士。

天启六年（１６２６年）正月，冯铨进一步倾陷东林党人，由魏忠贤授意，以冯铨为总裁官，编修了篡改历史之《三朝要典》。其时魏忠贤的心腹，气焰在宦官之上的的涂文辅说：“内有涂文辅，外有冯振鹭”！可见冯铨已是魏忠贤党羽中的头面人物。四月，冯铨进少保兼太子太保、户部尚书、武英殿大学士。因其贪贿太甚，为崔呈秀为嫉，冯铨于是年闰四月丢官罢职。即使在这种情势下，他仍在讨好魏忠贤，并为其书百韵祝寿诗。

天启七年（１６２７年）八月，天启帝驾崩，魏忠贤失去靠山。十二月，魏忠贤被铲除。基于冯铨陷害大臣、谄媚与阉党的事实，崇祯帝在清除阉党之初，将他以“魏忠贤党”之罪削籍。尔后在定逆案时，有一百二十九人因谄事魏忠贤而属“论徒三年输赎为民者”，冯铨罪列第二。直至明亡，他始终未得起用。

崇祯十四年（１６４１年），冯铨想要恢复原来的官位但是没有成功。归顺清廷顺治元年（１６４４年）五月，摄政王多尔衮以书信召冯铨入朝，他接到书信马上到了。多尔衮赐以朝服衣帽及鞍马、银币，命他仍以原衔，进入内三院佐理机务。事隔半月，冯铨等率文武群臣于武英殿向多尔衮上表称贺。他同其他汉官一样，揣测执政者的心意，来迎合多尔衮。

顺治二年（１６４５年）六月三日，多尔衮命抚按查明并赡养明代诸王的遗腹子，冯铨等赶忙叩头谢恩，多尔衮说他们不忘旧主，冯铨答曰：“一心可以效忠两位君主，但是对一位君主不能二心啊”，以明其仕清忠心不二。同年闰六月十二日，冯铨回奏多尔衮论明末党争时说：“诸位大臣的所作所为都瞒不过王爷啊”。多尔衮对此深表满意。这一年，授冯铨弘文院大学士。

顺治六年（１６４９年），加少傅兼太子太傅。

顺治七年（１６５０年）十二月，多尔衮死后，清初统治阶级内部的气候突变。顺治帝亲政后，满洲贵族的反多尔衮势力执掌朝政。

顺治八年（１６５１年）二月，清朝开始审定中央各部汉官，有的被严加惩处，有的则继续供职。效忠顺治顺治十年（１６５３年）三月二十一日，顺治帝下谕命吏部通知冯铨迅速赴京。三月二十七日，顺治帝亲临内院召见冯铨，对他很表关切之意。当天傍晚，冯铨等大学士奉召入宫，谈到翰林官贤否时，顺治帝认为只要他亲加考核，文之优劣毕见，即可定其高下。时陈名夏也在，而冯铨却别有心计奏曰：“皇上简拔任用贤才之人，不应该仅仅去看他的文章……南人汉官大多文章写的好但是做事不行，满人文章写的不行但是做事效率高。如今科举考试也不能只看文章好就录用了，文章行事都好，才可以任用。”贬抑南人汉官，正是冯铨真意。而此前被劾之陈名夏、陈之遴均隶籍江浙。顺治帝当即表示赞成冯铨的意见。翌日，冯铨官复原职，是为弘文院大学士。这说明冯铨于罢职期间清楚朝廷内部情况。此后，南人汉官屡遭打击，多与冯铨有关。

顺治十二年（１６５８年），加少师兼太子太师。冯铨与大学士洪承畴曾疏请恢复明朝票拟旧制，又与大学士谢升等议定郊社、宗庙乐章。他屡次受诸言官，期间曾罢官，后复出。

顺治十三年（１６５６年），冯铨以年老加太保致仕，但仍留在清廷以备顾问，其后经奏请皇帝批准回到原籍。

顺治十六年（１６５９年），改设内阁，清廷命其以原衔兼中和殿大学士。死后荣辱康熙十一年（１６７２年）十一月，冯铨卒于家中。享年七十八岁。

康熙十二年（１６７３年）正月，谥封文敏。但因其有才无德，名声不佳，朝廷内当年敌手又有已成大学士者，旋命削谥。其时，冯铨却因汇刻书法名帖而名噪一时。他藏有誉为稀世之宝的王羲之《快雪时晴帖》墨本，并将此帖连同其他名人字帖汇刻为《快雪堂法帖》。