裕固族的历史渊源可以追溯到古代的回纥部落。回纥这个名字，意味着“团结”和“联合”，是他们自称之名。在745年，回纥汗国建立，其领土涵盖了从贝加尔湖南至阴山北、兴安岭西及阿尔泰山东的一片广阔的蒙古草原。在近百年的时间里，这个汗国成为各游牧部落核心，以团结为基础逐渐融合成一个统一的民族。随后，回纥便成为了一个包含草原各游牧部落名称，并接受唐朝册封成为其属国。
然而，在840年，由于天灾与外敌威胁，该汗国最终崩溃，一些分支向西迁徙，一些则向南流散，其中一部分沿弱水南下抵达今张掖地区，被称作甘州回给，即今日裕固人的祖先。这支人群在895年占据甘州城，建立了自己的政权。但到了1208年，这个政权因西夏进攻而覆灭，其余势力四散，其中一部分退守敦煌以南、柴达木盆地以北区域，被称为撒里畏兀尔或黄头回纥。
1226年，撒里畏兀尔遭蒙古军队征服，而1368年元朝灭亡后，明朝在该地区设立安定、阿端、曲充三卫。15世纪初期，当时塔里木盆地叶尔羌汗国扩张至东方，并推行伊斯兰教；同时信仰藏传佛教的撒里畏兀尔人也东迁至祁连山麓，与当地汉藏民族共同生活，最终形成今日裕固族这一新的人类共同体。
