裕固族的历史渊源可以追溯到古代回纥部落，后者以“团结”、“联合”为突厥语自称。公元745年，回纥汗国建立，其疆域覆盖贝加尔湖南至阴山北、兴安岭西至阿尔泰山东的广阔蒙古草原。在近百年的时间里，这片草原上的各游牧部落逐渐聚集在回纥部周围，最终形成了统一的回纥民族。从那时起，回纥不仅成为一个由草原游牧部落构成的古老民族名称，也是唐朝册封可汗并成为其属国的一个重要政权。
然而，公元840年，当天灾与外敌相继侵扰时，汗国衰败而分裂。一部分人向西、南迁徙，其中一支抵达今张掖地区，被称作甘州回给，即日后的裕固祖先。这支人群于895年占领甘州城，并建立独立政权。直到1208年，由于西夏的进攻，该政权也随之崩溃，一些残余势力退往柴达木盆地以北、罗布泊及若羌一带，以“撒里畏兀尔”自号，因汉文史籍又被称作“黄头回纥”。
1226年，此群体遭受蒙古军队征服，而1368年的元朝灭亡和明朝设立安定、阿端、曲充三卫后，他们继续维持着自己的生活方式。15世纪初期，当叶尔羌汗国向东扩张推行伊斯兰教时，那些信仰藏传佛教的人们被迫东迁，并最终在祁连山麓与一些蒙古部落融合成今日裕固族共同体。此过程中，他们与当地汉藏等民族共处，最终形成了今天我们所见到的裕固族文化和生活方式。
