裕固族的历史源远流长，能够追溯到古代强大的回纥帝国。回纥这个名字来源于突厥语中的“团结”和“联合”，是他们对自己部落的自称。在公元745年，回纥建立了自己的汗国，其领土涵盖了从贝加尔湖南侧、阴山北侧、兴安岭西侧到阿尔泰山东侧的大片蒙古草原地区。在汗国存在约百年的时间里，这片草原上的各游牧部落逐渐围绕着回纥部聚集在一起，最终形成一个统一的民族——回纥族。随着时间的推移，回纥不仅成为了一个包括了草原各游牧部落名称，更成为了一支古老民族。
然而，在公元840年，由于天灾和外敌不断侵扰，汗国最终崩溃。分散的部众向西南迁徙，其中一部分到了河西走廊甘州（现在张掖）的区域，被后世称为甘州回给，即今日裕固人的祖先。这支被征服者在895年占领了甘州城，并建立了一块独立的小政权。但是在1208年的战乱中，这个政权也迎来了覆灭，一些残余势力退往敦煌以南、柴达木盆地以北，甚至延伸至罗布泊及若羌地区，他们自称为“撒里畏兀尔”，而汉文史籍则将其命名为“黄头回纥”。
1226年，当撒里畏兀尔人遭遇蒙古军队时，他们的人口再次经历了大变动。而1368年的元朝灭亡，以及随后的明朝统治，使得撒里畏吾尔地区设置起三卫，即安定、阿端和曲充。
15世纪初期，在塔里木盆地叶尔羌汗国扩张并推广伊斯兰教之后，那里的信仰藏传佛教的撒里畏兀尔人开始向东迁徙，与一些来自关外蒙古部落共同抵达祁连山麓。经过长时间与当地汉藏等民族共处，这些不同文化的人们逐渐融合，最终形成今天我们所知的裕固族。
