裕固族的历史渊源可以追溯到古代的回纥部落。回纥这个名字来源于突厥语，意味着团结与联合。在公元745年，回纥建立了自己的汗国，其疆域涵盖了今天的蒙古草原，从贝加尔湖南至阴山北、兴安岭西及阿尔泰山东。历经百余年，该汗国逐渐吸纳周边游牧部落，与其融为一体，形成统一的民族认同。
在唐朝册封下，回纥汗国成为唐朝的一员附庸。然而，在公元840年的天灾和外患影响下，这个汗国最终崩溃。分散的部众有部分向西迁移，有部分向南流离失所，其中一支在甘州地区定居，并被称作甘州回给，即后来的裕固族祖先。这支人群于895年占领甘州城，建立独立政权。
随着时间推移，当地政权不断更迭，最终在公元1208年的西夏进攻中覆灭。残留的人口退往敦煌以南、柴达木盆地以北地域，并自称“撒里畏兀尔”，汉文史籍则将他们命名为“黄头回纥”。
1226年，这个小王国被蒙古军队征服，而1368年元朝灭亡后，明朝设立了安定、阿端、曲充三卫，以管理这一地区。
到了15世纪初期，由于叶尔羌汗国对塔里木盆地扩张，以及伊斯兰教传播力的推动，一些撒里畏兀尔人转而信仰藏传佛教，他们共同迁徙至祁连山麓，与当地汉藏等民族相处久远，最终融合成今日我们所知的裕固族。
