裕固族的历史源远流长，可追溯到古代的回纥部落。回纥这个名字，意为“团结”和“联合”，是他们自称的名称。在公元745年，回纥建立了自己的汗国，其领土涵盖了从贝加尔湖南侧、阴山北侧、兴安岭西侧到阿尔泰山东侧的大片蒙古草原地区。在汗国存在近百年的时间里，这些草原上的各游牧部落逐渐围绕着回纥部队伍而融合，形成了一支统一的民族力量，从此被称作回纥族。同时，他们接受唐朝册封，并成为唐朝的一员附庸。
然而，在公元840年，由于天灾和外敌的侵扰，汗国最终瓦解。随后，一部分人向西迁徙，一部分向南迁徙，其中一支抵达河西走廊甘州（今张掖）的区域，被称为甘州回给，这就是裕固人的祖先。这支人群在895年占领甘州城，建立起独立政权。不过，当到了公元1208年，由于受到西夏军队进攻，他们又一次分散四处逃亡。
其中一部分人退往敦煌以南、柴达木盆地以北，至罗布泊及若羌等地，便自称“撒里畏兀尔”，即含义为“黄色头发”的意思，因此在汉文史料中，又被称作“黄头回纥”。
1226年，当撒里畏兀尔的人民遭受蒙古军队征服后，再也没有恢复过来。而1368年的明朝灭亡，也意味着这些区域下的生活再次发生了巨大的变化。当时设置了安定、阿端、曲充三卫来管理这块土地。
到了15世纪初期，当叶尔羌汗国向东扩张并推广伊斯兰教信仰时，那些仍然信奉藏传佛教的撒里畏兀尔人便开始向东迁移，与一些来自关外的蒙古部落一起，在祁连山脚下定居下来。经过与当地汉藏民族共同生活多年的融合，他们逐渐成为了今日我们所知的裕固族。
