裕固族的历史渊源可以追溯到古代回纥部落，回纥意为“团结”和“联合”，自称为这一名号。公元745年，他们建立了强大的回纥汗国，覆盖了从贝加尔湖南侧、阴山北侧、兴安岭西侧至阿尔泰山东侧的广阔蒙古草原地区。在几十年的统治中，这个汗国成为草原上各游牧部落融合成一体的核心。随着时间的流逝，回纥不仅是草原上的一个民族名称，还成为了唐朝册封可汗，并作为其属国。
然而，在公元840年，由于天灾与外敌的连番侵袭，汗国最终解体。其中一部分人向西迁徙，一部分则向南迁移，最终有部分人在今张掖甘州一带定居，被称作甘州回给，即后来的裕固人的祖先。这支游牧部落于895年占领甘州城并建立独立政权，但到了1208年，因西夏军队进攻而衰败，其余成员四散奔逃，其中一支退至敦煌以南、柴达木盆地以北，以罗布泊和若羌为界，并自称“撒里畏兀尔”，汉文史籍又称之为“黄头回纥”。
1226年，当这支部落被蒙古军队征服后，他们再次经历了波折。1368年的明朝成立，也标志着元朝灭亡之后，撒里畏吾尔地区设置安定、阿端、曲充三卫。
15世纪初期，叶尔羌汗国东扩推行伊斯兰教，而信仰藏传佛教的撒里畏兀尔人则迁往祁连山麓，与当地汉藏等民族相处长久，最终形成今日所见裕固族的人们共同体。此过程中，他们逐渐融入周边文化，不断发展出独特的生活方式和习俗。
