裕固族的历史源远流长,可追溯到古代的回纥部落。回纥这个名字,意为“团结”和“联合”,是他们自称的名称。在公元745年,回纥建立了自己的汗国,其疆域涵盖了贝加尔湖以南、阴山以北、兴安岭以西和阿尔泰山以东的一片广阔的蒙古草原地区。在汗国存在接近百年的时间里,这片草原上的各游牧部落逐渐围绕着回纥部落核心融合在一起,形成了一支统一的民族——回纥族。从那时起,回纥就成为了一个包括多个草原游牧部落的大型民族。
然而,在公元840年,由于天灾和外敌的连续打击,汗国最终崩溃。分散的部众向西或向南迁徙,其中一部分沿着弱水河流下到了河西走廊甘州(现在的是张掖)的地区,被后人称作甘州回给,也就是今天裕固人的祖先。这支来自于汉唐时代的一群游牧民在895年占领了甘州城,并建立了一独立政权。但到了公元1208年,当这块土地遭遇到了来自西夏国家的大规模进攻时,这个政权也随之瓦解,最终导致各个小组分散四处逃散。
其中有一些撒里畏兀尔人退居至敦煌以南、柴达木盆地以北,从罗布泊到若羌这一带,他们自称为“撒里畏兀尔”,而史书记载他们又被称为“黄头回纥”。在1226年的某一天,他们遭受了由蒙古军队发起的征服。当1368年元朝灭亡之后,一度被明朝所控制,但最终还是回到了一种较自由的人身状态。
15世纪初期,当叶尔羌汗国开始向东扩展并推行伊斯兰教时,那些信仰藏传佛教的小组决定迁移,而一些蒙古氏族也跟随他们来到了祁连山脚下的地方,因为长久与当地汉藏等民族共同生活,使得这些不同文化背景的人们逐渐融合成为一个新的社会集体——今日所谓裕固族。