裕固族的历史源远流长，可追溯到古代的回纥部落。回纥这个名称，意指“团结”和“联合”，是他们自称的名字。在公元745年，回纥建立了自己的汗国，其领土涵盖了从贝加尔湖南侧、阴山北侧、兴安岭西侧到阿尔泰山东侧的大片蒙古草原地区。在汗国存在近百年的时间里，这些草原上的各游牧部落逐渐围绕着回纥部队聚集成一体，为后来的统一民族奠定了基础。随着时间的推移，回纥不仅成为了一個包括各种草原游牧部落在内的古代民族，更成为了唐朝册封可汗并作为其属国的一个重要组成部分。
然而，在公元840年，由于天灾和外敌的连续打击，汗国最终崩溃。随后的几支分散迁徙中的一个群体，最终定居在河西走廊甘州（今张掖）附近，被称作甘州回给，即日后的裕固族祖先。这支人群在895年占领甘州城，并建立起独立政权。但到了公元1208年，当甘州回给政权遭遇西夏进攻而瓦解后，它们四散奔逃，其中一部分退往敦煌以南、柴达木盆地以北，以罗布泊至若羌为界区域，并自称为撒里畏兀尔或黄头回纥，因此又被史籍记载为黄头回纥。
随着时光的流逝，一系列事件发生。一方面，在1226年，撒里畏兀尔被蒙古军队征服；另一方面，在1368年的明朝建立之初，该地区设立安定、阿端、曲充三卫。此后，不久之后即有叶尔羌汗国向东扩张，将伊斯兰教推广至塔里木盆地，同时信仰藏传佛教的人们也开始向东迁徙，与当地汉藏等民族共同生活，最终融合成为今天所知的裕固族。
