裕固族的历史源远流长，可追溯到古代的回纥部落。回纥这个名字来源于突厥语，意指“团结”和“联合”，他们自称为这样一个民族。在公元745年，回纥建立了自己的汗国，其疆域涵盖了从贝加尔湖南至阴山北、兴安岭西至阿尔泰山东的一片广阔的蒙古草原地区。在接下来的近百年里，这个汗国成为草原上各游牧部落的核心，逐渐形成了一支统一的回纥族。
在这段时期内，汗国与唐朝保持着较好的关系，一直接受唐朝册封，并成为唐朝的一个属国。但到了公元840年，由于天灾和外敌的共同作用，这个汗国最终崩溃。其余的人群分散迁徙，其中一部分沿着河流向南移动，最终在甘州（今张掖）附近定居，被称作甘州回给，也就是后来的裕固人的祖先。这支人群在895年占领了甘州城，并建立了独立政权。
然而，在公元1208年的西夏进攻中，这个政权也随之瓦解，每一部分都四散奔逃。一部分人退往敦煌以南、柴达木盆地以北，那里的罗布泊和若羌等地，他们自称为“撒里畏兀尔”，汉文史籍则将他们称为“黄头回纥”。
随后，在1226年的蒙古征服中，“撒里畏兀尔”这一名称被淘汰，而1368年元朝灭亡后的明朝，则在这些区域设立了安定、阿端、曲充三卫。
15世纪初，当塔里木盆地叶尔羌汗国开始向东扩张并推行伊斯兰教时，一些信仰藏传佛教的人们——即撒里畏兀尔人——转而向东迁移，他们与当地一些蒙古部落一起，在祁连山麓定居久已，与周围汉藏民族融合成今日所见到的裕固族。
