裕固族的历史源远流长，能够追溯到古代强大的回纥帝国。回纥这个名字来源于突厥语中的“团结”和“联合”，他们自称为这样一个民族。在公元745年，回纥建立了自己的汗国，其领土包括了从贝加尔湖南侧、阴山北侧、兴安岭西侧到阿尔泰山东侧的大片蒙古草原地区。在汗国存在接近一百年的时间里，这个地区上各游牧部落逐渐围绕着回纥部聚集并融合，最终形成了一個統一的民族——回紇族。随着时间的推移，汗国的一些可汗接受唐朝的册封，并成为唐朝的一个属国。
然而，在公元840年，由于自然灾害和外敌入侵，汗国最终崩溃。其余的人们分散向西和南迁徙，其中一些人在甘州（现在张掖）的河西走廊定居，他们被称为甘州回给，也就是后来的裕固人的祖先。这支人群在895年占领了甘州城并建立了自己的政权，但到了1208年，这个政权因为西夏的进攻而倒台之后，它们四散奔逃，其中一部分退往敦煌以南、柴达木盆地以北，即罗布泊至若羌之间，被称作撒里畏兀尔或黄头回纥。
1226年，这个区域被蒙古军队征服，而1368年的元朝灭亡后，明朝设立安定、阿端、曲充三卫来管理这片土地。当时，一些塔里木盆地叶尔羌汗国的人民开始向东扩张，用武力传播伊斯兰教，同时信仰藏传佛教的撒里畏兀尔人也开始向东迁移，与当地汉藏等民族共同生活，最终形成今天我们所知的裕固族。
