裕固族的历史源远流长，能够追溯到古代强大的回纥帝国。回纥这个名字来源于突厥语中的“团结”和“联合”，是他们自称的名称。在公元745年，回纥建立了自己的汗国，其版图涵盖了从贝加尔湖南部、阴山北部、兴安岭西部到阿尔泰山东部的大片蒙古草原地区。在接下来的几十年里，这个汗国成为草原上各游牧民族的中心，以回纥为核心逐渐融合成一个统一的民族。
在这段时期内，汗国与唐朝保持着稳定的关系，历届可汗都接受唐朝的册封，并成为其属国之一。然而，在公元840年的天灾和外敌压力下，汗国最终崩溃，一些分支向西或向南迁徙，其中一支沿着弱水南行，最终定居在河西走廊甘州（今张掖）的附近，被称作甘州回给，这就是日后裕固人的祖先。
895年，这群人占领了甘州城，并建立了独立政权。但到了公元1208年，由于受到西夏军队的进攻，这个政权也随之崩溃，每个家族四散奔逃，其中一部分退往敦煌以南、柴达木盆地以北区域，与罗布泊及若羌等地相邻，他们自称为“撒里畏兀尔”，汉文史籍又将其称作“黄头回纥”。
1226年，当撒里畏兀尔被蒙古军队征服后，其文化和生活方式开始发生变化。而1368年的明朝灭亡，也标志着元朝结束，对撒里畏吾尔地区设置安定、阿端、曲充三卫进一步影响了当地的人口分布。
15世纪初期，当叶尔羌汗国向东扩张并推广伊斯兰教时，有信仰藏传佛教的人们——即今天所说的裕固族——为了避免冲突而东迁至祁连山脚下。这期间，他们与其他蒙古部落共同生活，最终形成了一种新的共同体，即今日我们所认识的地理位置上的裕固族。
