杨时少年时，聪颖好学，善作诗文，被人称“神童”。幼时读佛学，少年攻读儒学。八岁能赋诗，九岁能作赋。得到人们称赞。杨时少时常在明溪县城东龙湖读书。十五岁时，在邵武游学有名声。二十一岁，赴礼部考试。下第，补太学生。归乡后，在含云寺读书讲学。并作有《札记解义》《此日不再得》，年二十四，登状元徐铎榜进士。

中进士后，授予汀州司户参军。以病为由没有赴任，专心研究理学，著《列子解》。元丰四年，杨时被授予徐州司法。后专门投于洛阳著名学者程颢门下，研习理学，与游酢、伊熔、谢良佐成为程门四大。程颐说：“杨君最会得容易。”程颢也说：“自信如此，谁能御之?”杨时学成回归时，程颐目送他远去，曾感慨地说：“吾道南矣!”。元符年间，学者多从佛学，但杨时只衷心理学，所以程颢叹曰：“学者皆流于夷狄矣，惟有杨谢(显道)二君长进!”两年后，杨时赴徐州上任;同年八月，他完成《庄子解》的著述。三十三岁时，听说老师明道先生去世，设灵位并于寝门大哭，作有哀辞(并序)。后来，丁继母忧。元祐五年，杨时又因父亲杨殖去世，杨时回乡守制。

四十一岁时杨时投于程颢的弟弟程颐门下，到洛阳伊川书院学习。他对理学已有相当造诣;但是，他仍然谦虚谨慎，不骄不躁，勤奋好学。他与游酢“程门立雪”的故事成为尊师重道的佳话。程颐很为他们诚心求学的精神所感动，更加尽心尽力教授。杨时不负重望，终于学得程门理学的真谛。杨时学成后回到南方继续潜心研究和传播程氏理学。他为了弄清楚张载《西铭》之理，专门写信向程颐请教。他在二程理学和朱熹之间起了承前启后的作用。

绍圣元年，杨时赴浏阳上任。翌年夏末初秋，浏阳县出现严重旱灾，许多农民颗粒无收，纷纷外出逃荒。杨时立即赶写《上程漕书》、《上提举议差役顾钱书》，向上反映灾情，使朝廷及时拨给赈灾粮款，将官仓三千石稻谷迅速赈济灾民，缓解了灾民的苦难。绍圣四年浏阳连降暴雨，浏阳成了“水泽之国”，农田被淹。杨时《上州牧书》禀报浏阳受灾情况，请求拨粮钱赈灾和减免灾民赋庸调。政和二年杨时又赴萧山任县令。当时萧山县城周围农田易旱易涝，连年受灾。乡民曾多次要求将低田蓄水为湖，以灌农田，但都未实现。杨时到任后，认真听取乡民的意见，率百姓筑湖。湖取名“湘湖”，成湖3万7千多亩，周围80余里，可以灌溉农田14万6千8百余亩;即使大旱之年仍然有过半农田可以得到灌溉;而且“湖中多产鱼鲜，又有莼菜，可炊以疗饥”。据《萧山县志》载：“政和二年，(杨时)为邑令，经理庶务，裁决如流。以民岁苦旱，开筑湘湖，以灌九乡，至今民赖其利。祀宦祠。”

崇宁五年，杨时奉敕差充对读官，转授浙江余杭县知县。奸相蔡京借口“便民”，实际上是为其母筑坟圈地。杨时不畏权贵，坚决其害民之举;并且揭露和批评蔡京专权、虐民的罪行。奸臣蔡京、童贯、朱勐、王鞴等为了迎合宋徽宗的奢侈荒淫，大肆搜刮民间奇珍异宝，建龙德宫。仅朱勐主持的苏杭应奉局，用来运送奇花异石的船只就多达2400多艘。朱勐之流还乘机敲诈勒索，大发横财。百姓怨声载道。杨时对他们的行径深恶痛绝。他在《余杭见闻》中，愤然写道：“今天下上至朝廷大臣，下至州县官吏，莫不以欺诞为能事，而未有以救之!”“今天下非徒不从上令，而有司亦不自守成法。……其如法何?”他批评朝廷：“免夫之役，毒被海内，西城聚敛，东南花石，其害尤甚。前此盖尝罢之，诏墨未干，而花石供奉之舟已衔尾矣。今虽复早前令，而祸根不除，人谁信之?”他主张“为政以德”，“爱人节用”，“节以制度，不伤财，不害民。”他还一再上疏恳请朝廷减轻农民赋税。

宣和六年经张舜民推举，徽宗召杨时为秘书郎。杨时上书《与执政论时事札子》，建言十件大事。他写道：“如今士大夫不敢对天下大事畅所欲言，不过是为了明哲保身而已。但他们不曾想过，天下动荡不安，岂能保全自身?”他从“慎令、茶法、盐法、转般、籴买、坑冶、边事、盗贼、择将、军制”十个方面分析朝廷一些政策的弊端以及由此产生的负面影响，并且提出许多趋利避害的建议和措施。杨时提出不能只给他乡之人免除赋税，还应对辛勤劳作的农民一视同仁，使他们也能得到实惠，从而信任朝廷，而不至于跟着抛弃土地，背井离乡，沦为盗贼，引起社会动荡。他主张放宽或废弃茶盐二法，以保证贸易自由，减轻百姓负担。他认为爱民就要民有常产，方可使天下百姓安居乐业，杨时建议朝廷恢复以前做法，拨出一笔经费作为籴本，即定购粮储备金，年初预支给农民购买生产资料和维持平时生计，秋收后农民按额交粮，结算时从中扣除原发的预订金。这样，国家既能按时收粮入库，农民也从中得到便利，乐于耕种土地，不至于逃亡。但因当时奸臣当道，杨时的建议未被采纳。

杨时闻金军南侵，连上两疏，提出“严为守备”、“收人心为先”等建言。杨时不惧强权，公然斥责童贯：“为三路大帅，敌人侵疆，弃军以而归拏戮之有余罪，朝廷置之不问。故梁方平、何灌皆相继弃而遁。当正典刑以为臣子不忠之戒。”他斥责蔡京“用事二十余年蠹国害民，几危宗社，人所切齿。”建议罢黜投降派张邦昌，诛杀童贯，表现出非凡的见识和勇气。靖康元年，杨时先后任著作郎兼侍经筵、谏议大夫兼侍讲、国子监祭酒等职。时值金兵包围汴京，朝廷对战与和争论不休。杨时抗金态度是坚决的。他提出立统帅、示纪律、一号令、攘夷狄、排和议等7项主张。他坚决反对割地求和的投降政策,力主抗金，希望朝廷重用李纲等抗金重臣。可是，负责京都防务的主战派人物李纲却被罢官，激起开封军民的愤慨。陈东等太学生到宣德门前上书。朝廷准备民众。杨时挺身而出，为陈东等辩护说：“士民伏阙，诟骂大臣，发其隐慝，无所不至，出于一时忠愤，非有作乱之心，无足深罪。李邦彦首画遁逃之策，捐金割地，质亲王以主和议，罢李纲而纳誓书;李邺奉使失辞，惟虏言是听;此二人者，国人之所同弃也。”宋钦宗一意求和，依金人条件，割让太原、中山、河间3镇。杨时上书，认为“朝廷割三镇三十州之地与之是欲助寇，而自攻也。”“河朔为朝廷重地，而三镇又河朔之要藩也，自周世宗迄太祖太宗百战要而后得之，一旦弃之，北庭使敌骑疾驱。”之后，他又上疏乞诛拥重兵坐视太原危急而不救的姚古，均未被采纳。南宋建国后，杨时又上疏请除茶、盐二法，并且力陈对金国割地求和不可为。

建炎二年，朝廷任命杨时为工部侍郎。杨时力辞不受，后改为龙图阁直学士、提举杭州洞宵宫，赐对衣金带、紫金鱼袋。同年十一月，杨时回到镛州。建炎四年，杨时以年事已高为由请求告老。高宗封他为朝请大夫、仍龙图阁直学士，并赐他官绢200疋、白银300两，以养天年。杨时推辞说：“乞恩惠于八闽，山无米，地无租”。高宗准奏，“永为优免”。杨时回到家乡后，生活十分俭朴。吕聪在《问书册》中说：“(杨时)自京城辞官还乡后，视公(杨时)一饭，虽蔬食脆甘皆可于口，未尝有所择也;平生居处，虽敝庐优屋皆可以托宿，未尝有所羡而求安也。”

杨时为了教育儿孙“俭以养德”，特立下这样的家规：“三餐饭蔬，不论脆甘酸苦，只要是可以吃的，就不可有所嗜好;衣服鞋帽，不论布料精细，只要合身，就不许挑挑拣拣;所处房屋，尽管简陋，只要还能居住，就应安居乐业，不要羡慕别人雕梁画栋;故山田园，先祖遗留，应该守其世业，不可增营地产，侵犯他人利益。”他还赋诗勉励儿孙：“敝裘千里北风寒，还忆箪瓢陋巷安;位重金多非所慕，直缘三釜慰亲欢。”他还谆谆告诫后学者：“富贵如浮云，苟得非所臧。贫贱岂吾羞，逐物乃自戕。胼胝奏艰食，一瓢甘糟糠。所逢义适然，未殊行与藏。”(杨时《书含云寺学者》)他晚年在故里仍笔耕不辍，著书立说，先后写成《三经义辨》、《日录辨》、《字说辨》等书。南宋绍兴五年(1135年)杨时辞世，终年83岁，葬于将乐水南乌石山麓。宋朝赐“左大中大夫”，又赠“太师”“大中大夫”等封号，谥“文靖”，并在将乐龟山麓建有“龟山书院”“道南祠”，宋高宗赵构为书院题名，清圣祖玄烨题匾：“程氏正宗”。至今每年拜谒杨时陵墓的游人仍络绎不绝。