在少年时光中，朱耐根跟随祖父居住于北京，他对皮黄腔的热爱深远，并得到了谭鑫培的真传。随后，朱耐根以票友的身份，在上海、杭州、汉口和常州等地进行了义务性的演出。他与另一位票友王君直齐名，被誉为“南朱北王”。著名票友陈小田在其著作《京剧音韵概论》中提到过谭派中的杰出人物，朱耐根就是其中之一。苏少卿在《剧评》中赞扬了朱氏的声音“如浮云遮月”，与小余相比，更是技艺高超。
当朱耐根年纪稍长，他继续以票友的身份生活在上海。在那里，他被尊称为“耐二爷”，并被视为票界中的宗师。朱氏精通谭派唱腔，并曾经在扬州和常州传授自己的技艺。宝应地区的票友们，如佑申和郭季良，与朱氏结拜，他们常常切磋技艺，深受其教导。此后，在宝应地区学习京剧的人很多，这无疑是受到了朱氏影响的一部分。值得一提的是，朱耐根夫人魏雅兰也是一个资深的票友。
他的唱腔曾经由高亭和百代两家公司灌制成三张唱片，《法场换子》、《梅龙镇》（他与夫人合作）以及《探母回令》（他与陈小田合作）。由于这些唱片是首次记录下了谭鑫培没有灌录过的声音，因此对于研究谭派声腔艺术来说，是不可多得的珍贵资料（现在这几张唱片保存在上海图书馆）。
