二战结束后，美军一度计划焚毁靖国神社，但最终因冷战对策考虑而放弃。靖国神社曾是美国人眼中的一颗疼痛的钉子，自1941年日本偷袭珍珠港以来，美国开始研究日本军国主义的根源。1945年，美军拍摄了《认识你的敌人日本》，揭示天皇在日本人的心目中如同最高神明，对于战死者被供奉于靖国神社是一种至高荣誉。然而，这也使得靖国神社成为煽动国家主义精神和攻击性的工具。
随着战争结束，麦克阿瑟将领在抵达东京时，对于如何处理这座神社持有强烈态度，他下令解除武装、逮捕战犯，并公布了宗教信仰自由政策。但一些美军官员建议将其烧毁，以彻底摧毁日本的精神基础。在此背景下，一些阴谋勾连不断地展开，其中包括横井时常的策略——利用盟总尊重信教自由来维护靖国神社，而非以国家之名进行祭祀。
尽管如此，在1945年11月26日，大祭还是成功举行了，由裕仁天皇亲临参拜，此举震惊了盟总内部，最终导致“神道指令”的发布，即废止国家神道实行政教分离，同时允许靖国神社脱离国家管理成为宗教法人。这一决定虽然避免了其直接破坏，但仍引发了一系列争议，最终导致1952年的占领时代结束后，其再次成为右翼势力招魂、翻案的场所。
