在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，这座建筑物被改造成如今的圣伯多禄大殿，是天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围地区赠予教宗，从而成立了半世俗政体型态的“教宗国”，覆盖意大利半岛中部的大部分地区。
19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动使得梵蒂冈失去了意大利领土。在这种背景下，拿破仑三世以“保护者”之名出兵保护罗马，但普法战争结束后，他撤军，使得意大利王国军队顺利占领罗马城，并完成了国家统一。随后，教宗退居梵蒂冈宫中，与新生的意大利王国保持隔离。
1929年，《拉特兰条约》签署完成，将梵蒂冈确立为独立国家，其主权属于教宗，其领土位于梓塔冈城，为中立国。此外，该条约解决了长期来就圣座与意大利政府之间的纠纷。第二次世界大战期间，梵蒂冈保持中立，并由庇护十二世担任其领导人。
近代时期，一些法律变化引发了一些争议：2009年1月1日，梵蒂冈宣布不再自动采纳意大利议会通过的法律，因为这些法律经常与天主教义相冲突。此外，还有关于国家旗帜和徽章的历史，其中包括1808年的黄白色旗帜以及1963年的保禄六世皇徽，它们象征着不同时代对权力的理解和尊重。
