对在西南地区居住的苗、瑶、彝等少数民族，清朝于1726年雍正皇帝在位期间，大规模地推行“改土归流”政策，废除原来由少数民族头人担任土司的世袭制度，设立了州县，由朝廷派官统治。清朝廷在边疆地区的这些措施，巩固了国防，稳定了当地的社会秩序。但当采取征讨行动的时候，总是给当地人民带来很多灾难。

改土归流

雍正帝在西南少数民族地区实行了改土归流的改革。雍正四年（1726年），在西南少数民族地区取消了土司，改派可以随时任免的流官。改土归流对于减轻对少数民族地区人民的压迫和剥削有帮助，对清朝实施全国性的统治和国家的统一有重要意义，但清朝在推行改土归流时过度强调使用武力，对一些地区的反抗采取了残酷的武力，也给西南部分少数民族带来了灾难。

统治

雍正帝继位之初，清廷调整驻兵的政策，将驻藏清兵撤回内地。随着青海罗卜藏丹津叛乱，清廷再次派兵驻藏。戡平叛乱后，年羹尧的《青海善后事宜十三条》涉及整个藏区的治理方略：严控青海蒙古和硕特部；加强康区的防务；清军再次从撤出。清廷开始对藏区进行行政划界厘定各藏区范围。

雍正五年二月初九日（1727年3月1日），僧格、马喇已由京起程赴藏，成为驻藏大臣设置之始。清廷为防止生变，固未派兵随大臣们进藏。雍正六年（1728年）五月，颇罗鼐获得卫藏战争胜利，八月，查郎阿、迈禄领北路军，周瑛领率南路军同抵拉萨。按照清廷早前的安排，留周瑛、迈禄领二千兵驻藏，这样大臣驻藏有了军队的保障。

驻藏大臣设置之初职数尚无定制，无规定的任期，尝试轮换。雍正六年（1728年）十一月马喇则负责护送七世至里塘，这样驻藏大臣由二人增至三人，此后包进忠进藏，大臣驻藏又有增减。起初亦没有按照岳钟琪所设想的三年一换制，清廷还没有明确提出驻藏官员的轮换。这样驻藏大臣进入了新的轮换，同时清廷恐新任人不能熟悉事务，著马喇先回，留僧格协同青保、苗寿等办事一年。这个过程是清廷摸索、完善大臣驻藏制度的过程。

“正统”思想

雍正帝宣称：“在逆贼等之意，徒谓本朝以满洲之君，入为中国之主，妄生此疆彼界之私，遂故为讪谤诋讥之说耳。不知本朝之为满洲，犹中国之有籍贯。舜为东夷之人，文王为西夷之人，曾何损于圣德乎？”意思是这些逆贼的本意，不过是说本朝只是满洲的君主，而进关当了整个中国的皇帝，错误地怀着地域、民族的偏见，故意捏造一些言论来进行诽谤讥讽。

而他们不懂得本朝原居地为满洲，好比中国人有籍贯于某地一样。古代的大舜籍贯是东夷，周文王籍贯是西夷，这丝毫不能损害他们圣人的光辉。反驳明末遗民说清朝入主中原的不正统，严防汉族士大夫阶层离心。